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Hallo liebes Forum,
ich beschäftige mich gerade mit der Expressionsanalyse verschiedener Gene durch Affymetrix Microarray Chips. Dabei stoße ich auf Begriffe, mit denen ich leider nicht viel anfangen kann.
In einer Abbildung ist die absolute Expression angegeben (einheitenlose Werte zwischen 0 und 2000), in der Beschreibung steht "GCOS normalization: TGT (100)". Bei GCOS handelt es sich wohl um eine Affymetrix Software und bei TGT um einen "Target value". Die erhaltenen Messungen werden, wenn ich soweit richtig verstehe, irgendwie normalisiert, um sie vergleichbar zu machen. Leider finde ich nirgendwo eine Beschreibung, wie so etwas funktioniert. Was sagt mir eine Expression von z.B. 500? ist sie hoch, oder niedrig? und was ist der Unterschied zwischen TGT (100) oder TGT (200)?
Ich würde sehr gerne die Grundlagen verstehen.
Vielleicht kennt sich ja jemand damit aus oder kennt einen Link, in dem ich nachlesen kann.
Liebe Grüße,
Jay
ich beschäftige mich gerade mit der Expressionsanalyse verschiedener Gene durch Affymetrix Microarray Chips. Dabei stoße ich auf Begriffe, mit denen ich leider nicht viel anfangen kann.
In einer Abbildung ist die absolute Expression angegeben (einheitenlose Werte zwischen 0 und 2000), in der Beschreibung steht "GCOS normalization: TGT (100)". Bei GCOS handelt es sich wohl um eine Affymetrix Software und bei TGT um einen "Target value". Die erhaltenen Messungen werden, wenn ich soweit richtig verstehe, irgendwie normalisiert, um sie vergleichbar zu machen. Leider finde ich nirgendwo eine Beschreibung, wie so etwas funktioniert. Was sagt mir eine Expression von z.B. 500? ist sie hoch, oder niedrig? und was ist der Unterschied zwischen TGT (100) oder TGT (200)?
Ich würde sehr gerne die Grundlagen verstehen.
Vielleicht kennt sich ja jemand damit aus oder kennt einen Link, in dem ich nachlesen kann.
Liebe Grüße,
Jay