Okay, über Microarrays kann ich dir was sagen
Also zuerst als generellen Tipp, wenn du auf deutsch nichts findest lohnt es sich manchmal, auf dem Englischen Wiki zu gucken (vorrausgesetzt dein Englisch ist gut genug). Da findet man manche Sachen genauer und mit mehr Bildern. Dieses hier ist daher:
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/en/a/a8/NA_hybrid.svg
Dein 1. Denkfehler ist folgender: Auf einem Microarray Chip ist natürlich nicht die cDNA für ein komplettes Gen vorhanden. Die cDNA ist nur ein paar nucleotide lang, aber muss natürlich ganz spezifisch für dieses bestimmte Gen sein. Daher ergibt sich überhaupt kein Problem für Introns. Man benutzt eine Sequenz in einem Exon, die spezifisch genug ist und violá.
Dann werden diese cDNAs einzelsträngig auf einen Chip gebracht (frag mich aber bitte nicht wie, davon hab ich leider keine Ahnung
).
Am Ende hast du einen Genchip, der aus tausenden einzelsträngigen cDNA stücken besteht, und diese sind spezifisch für bestimmte Gene.
Die Idee ist, dass sich dann die cDNA, die du aus deiner Probe extrahierst an diese stückchen auf dem Chip bindet (wie DNA das ja tut, wenn eine complementäre Sequenz vorhanden ist.)
Die cDNA wird, während du sie extrahierst, mit einem Fluoriszierenden oder Chemiluminiszierenden Stoff behandelt.
Dann lässt du die cDNA aus deiner Probe an deinen Chip binden. Also die "leuchtenden" cDNAs werden sich an die stückchen auf dem Chip binden. Am Ende leuchten natürlich nur die Positionen auf deinem Chip, an die sich auch cDNA gebunden hat.
Also sagen wir du guckst nach einem Bestimmten Gen (z.B. p53) und siehst einen Signal auf dem Chip, dann hat sich cDNA aus deiner Probe an die complementäre cDNA auf dem Chip gebunden.
Das bedeutet die Zellen, aus denen du die cDNA gemacht hast müssen p53 transcribiert haben (sonst hättest du ja keine mRNA davon bekommen).
Für ein anderes Gen kann es sein, dass du kein Signal bekommst. Das bedeutet in der Zelle war keine mRNA für dieses Gen vorhanden, von dem du cDNA hättest machen können, und das gen ist Inaktiv.
Ein solches Array sieht am Ende so aus:
http://www.biomedcentral.com/content/figures/1471-2105-7-349-10-l.jpg
Das ist zwar keines mit schönen Farben, aber etwas simpler zu erklären. Jedes kleine Kästchen represäntiert ein Gen. Die hellen Kästchen sind Signale, die dunklen sind negativ, also dort hat keine cDNA gebunden. Wie du siehst sind in der linken Probe viel mehr Gene transkribiert, als auf dem rechten (dort ist fast alles dunkel). Dadurch kannst du erkennen, dass sich anscheinend durch den Versuch (was immer sie da gemacht haben) viele Gene ausgeschaltet haben.
Hier ist auch nochmal eine Übersicht, der Schritte, die man dafür durchlaufen muss, ist aber Leider auf Englisch, aber ich schreib die Schritte darunter nochmal:
http://upload.wikimedia.org/wikipedia/en/e/e8/Microarray_exp_horizontal.svg
1. Probe
2. RNA extraktion
3. cDNA Synthese
4. cDNA wird "gefärbt"
5. Hybridisierung (man lässt die cDNA aus der Probe an den Chip binden und wäscht danach, um unspezifische Bindungen zu vermeiden)
6. Analyse (man misst die Stärke der Signale auf dem Chip)
7. Statistische Analyse
So ich hoffe dass dir das etwas hilft und dich nicht nur noch mehr verwirrt.
Hmm und deine Frage zu den Gensonden, ich denke dass die einfach simpel mit PCR hergestellt werden. Alsi du suchst die das Stück, dass du auf dem Chip haben willst, machst Primer dafür und amplifizierst es
Aber dabei bin ich mir nicht ganz sicher.
So und jetzt mach ich mich glaub ich ins Bett.
Wie gesagt wenn dein Englisch gut genug ist, versuch dich mal ein Bisschen hier einzulesen, aber es ist relativ komplex und viel Info, aber vielleicht hilft es dir.
http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray
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finde einfach kein anschauliches Beispiel dafür. Ich muss sagen, ich will das immer genau nachvollziehen und mir vorstellen können, ansonsten fühl ich mich irgendwie nicht wohl