16s rna-sequenzanalyse

[Simi]

hab mal wieder ne frage

man kann die rna-sequenzanalyse ja auch für die identifikation von bakterien nehmen,oder?

es läuft dann so ab,dass man die rna isoliert, mit pcr vervielfältigt,kloniert und dann sequenziert, oder?

wenn man die sequenzanalyse hat, wie weiss ich jetzt welches bakterium das jetzt ist? gibts bestimmte datenbanken wo man vergleichen kann? wie darf ich mir das vorstellen??

 

[willi2000]

Man vergleicht die erhaltenen Sequenzen mit einer Sequenzdatenbank ab. Das gebraeuchliste Werkzeug(Tool) fuer diesen Datenbankabgleich heisst Blast (Basic Local Alignment Search Tool).

allgemeine BLAST-Links:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sutils/genom_table.cgi

16S rRNA Datenbanken:
http://prion.bchs.uh.edu/16S_signatures/
http://simo.marsci.uga.edu/public_db/

Leider ist heute Englisch die Sprache der Wissenschaft
(ohne Adolf H. wuerde es heute vielleicht noch deutsch sein)

 

[Simi]

ich hab mich jetzt nochmal intensiv damit beschäftigt... will jetz nur noch fragen ob ich das jetzt richtig verstanden hab.

bei der 16s-rRNA gibt es konservative und hochvariabe regionen. die hochvariablen regionen sind für bestimmte bakteriengruppen typisch. durch gensonden mit unterschiedlicher selektivität können diese definiert werden.
man isoliert die rna- vervielfältigt die mit pcr und sequenziert das ganze zeugs

bei fish werden dann die gensonden mit floureszierendem farbstoff markiert und wie oben weiter durchgeführt.

bei dem zyklischen RNA-ansatz werden die gesamnukleinsäuren aus dem habitat isoliert,die darin befindlichen gene für rna über pcr vervielfältigt, gene ddurch klonierung vereinzelt und dann nukleinsäuren bestimmt.

es eignet sich aber auch die dna..
bei der dna isolation gibts die indirekte und die direkte extraktion..
bei der direkten wird die dna gleich durch die lyse isoliert und bei der indirekten werden die zelen erst durch zentrifugiert/filtriert angereichert und anschliessend lysiert und dann anhand der RFLP-analyse ein genetischer fingerprint erstellt.

sooo.... hab ich da wieder was durcheinander gebracht?