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5'-cap-Struktur

Floris

Lurch
Hallo zusammen :D,

ich hätte da mal eine terminologische Frage. Bei der m-RNA-Prozessierung wird (soweit ich weiß) durch eine Phosphohydrolase die Gamma-Phosphatgruppe von dem RNA-Nukleosidtriphosphat abgespalten, das sich am 5'-Ende der prä-m-RNA befindet. Eine Guanylyltransferads spaltet das Beta-Gamma-Diphosphat von einem GTP-Molekül ab und verknüpft das entstehende GMP-Molekül mit dem RNA-Nukleosiddiphosphat, das sich am 5'-Ende der prä-m-RNA befindet. Eine Guanylyl-7-methyl-Transferase methyliert das Guanin des angehängten GMP-Moleküls an Position 7 mit Hilfe von S-Adenosylmethionin. Gegenebenfalls kann die Ribose der beiden RNA-Nukleotide am 5'-Ende der prä-m-RNA an der Hydroxidgruppe des 2. Kohlenstoffatoms durch eine 2'-O-methyl-Transferase methyliert werden (ebenfalls mit Hilfe von S-Adenosylmethionin). Ich hoffe, dass das bis dahin soweit richtig ist, wenn nicht korrigiert mich bitte :). Meiner Logik nach müsste jetzt das angehängte methylierte GMP-Molekül die cap-Struktur sein. In einigen Lexika und verschiedenen Lehrbüchern habe ich gelesen, dass lediglich das methylierte Guanosin (ohne den Phosphatrest) als cap-Struktur bezeichnet wird. Was ist denn jetzt richtig ?

Liebe Grüße,
Floris :D
 

mik

Administrator
Moderator
Meines Erachtens müsste man die gesamte Struktur als Cap bzw. Kappe verstehen. Denn nur so ergibt es Sinn, von Cap 0, Cap 1 und Cap 2 als ähnlichen Strukturen zu sprechen, die sich jeweils nur darin unterscheiden, dass unterschiedlich viele Molekülbereiche methyliert sind (bei Cap 0 nur der Guaninrest, bei Cap 1 ist zusätzlich die Ribose des nächsten Nucleotids methyliert und bei Cap 2 ist außerdem das übernächste Nucleotid methyliert). Schau dazu auch mal diese Abbildung an: http://vir.sgmjournals.org/content/86/5/1239/F1.expansion.html (vollständiger Artikel unter: http://vir.sgmjournals.org/content/86/5/1239.full).
In welcher Literatur ist es denn anders dargestellt?

Gruß

mik
 

Floris

Lurch
Hi mik,

okay so habe ich das ganze noch nicht betrachtet. Es ist nur verwirrend wenn man liest, dass nur die 7-Methylguanosin-Gruppe als cap-Struktur angesehen wird. (-> http://www.wissenschaft-online.de/abo/lexikon/biok/2099) , weil das was ja neu dazu kommt, ist/ sind ja das GMP, das hinterher noch methyliert wird (und gegebenenfalls die 2'-O-Methylgruppen der Ribose der ersten beiden 5'-RNA-Nukleotide. Ich habe schon nach deutschen und englischen Abbildungen gesucht, indenen die cap-Struktur mal eingekreist oder anders hervorgehoben wird. Habe aber leider keine gefunden. Bei wikipedia steht auch nur: "Dabei handelt es sich meist um ein modifiziertes Guanin-Nukleotid, welches (...)." (-> https://de.wikipedia.org/wiki/5'-Cap-Struktur). Damit wäre dann das ganze methylierte GMP-Molekül gemeint. Das ist alles etwas verwirrend.

Danke für deine Antwort ;D und liebe Grüße,
Floris
 

mik

Administrator
Moderator
Das Ganze ist natürlich eine Frage der Sichtweise. Allerdings wären die methylierten Nucleotide dann eigentlich nicht Bestandteil der Cap (siehe unten).
 

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mik

Administrator
Moderator
... wie in dem von dir angegebenen Lexikon-Artikel von wissenschaft-online scheint man grundsätzlich in der Literatur die Cap bzw. Kappe mit dem angefügten Molekülbereich gleich zu setzen. Das hängt vielleicht damit zusammen, dass das Bild "Kappe" dies nahelegt (wird auf das Bestehende "aufgesetzt") und man zunächst wohl nicht wusste, dass weitere Bereiche an anderer Stelle modifiziert werden ... in funktionaler Hinsicht werden ja verschiedene Kappen-Typen (Cap 0, Cap 1, Cap 2) unterschieden ... diese begriffliche Unschärfe ließe sich vielleicht einfach damit erklären, dass die wissenschaftlichen Erkenntnisse zuweilen die alten Begrifflichkeiten "überholen" ... (was an vielen anderen Stellen in der Biologie ja auch der Fall ist, typisch ist hier z. B. der Begriff des "Gens").

Vielleicht hat hier im Forum :waving aber ja noch jemand eine gute Idee ...

Viele Grüße ...
 

Joffi

Moderator
Moderator
Mir ist bewusst, dass Dir mein Beitrag nicht weiterhilft, aber dazu möcht ich doch schnell noch was philosophisches loswerden:
Was genau wir Menschen als "CAP-Struktur" definieren, ist völlig bedeutungslos. Es scheint mir offensichtlich, dass Du genau verstanden hast, was da passiert und wie das nachher aussieht. Wie das dann irgendjemand benennt, ist erkenntnistheoretisch bedeutungslos. Wenn Du einen Fachtext beginnst mit "in dieser Arbeit verwende ich den Begriff CAP-Struktur folgendermaßen...", dann kann Dir keiner was, hat ja keine das Recht auf Fachterminus-Definition gepachtet :).
Philosophie zum Wochenende brought to you by Joffi :D
 
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