Zu b): Wenn man mit Organismen zu tun hat, die eine sehr kleine Generationszeit haben (wie Bakterien), kann man das durch Beobachtung machen, statt Berechnung. Für höhere Tiere z.B. wird das etwas schwieriger. Da benötigt man dann allerlei Erfahrungswerte. Wann haben sich zwei Spezies getrennt (anhand von Fossilfunden eines gemeinsamen Vorfahren z.B.) und wie unterschiedlich sind die heute in nicht-kodierenden Bereichen? Anhand solcher Arbeiten kann man dann seine Uhr eichen und berechnen, wann sich dann wohl andere Spezies getrennt haben. Ist aber immer mit Unsicherheit behaftet, Modelle eben.
zu a): Hm, da hab ich nur noch eine höchst dunkle Erinnerung an alte Botanik-Praktika. Da konnte man irgendwie schön den Redoxzustand der Chloroplasten messen, aber genau krieg ichs nicht mehr hin. Google doch mal DCPIP, dann solltest Du eigentlich mit genau solchen Versuchsanleitungen totgeschlagen werden. Ansonsten ist ein gutes Stichwort "Hill-Reaktion"...