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DNA-Mengenabschätzung mit 1 kb Marker

Pferdegesicht

Invertebrat
Hallo,

kann mir jemand genau erklären, wie man die Menge in ng der aufgetragenen DNA (z.B. 4 µl-Aliquot) auf einem Agarosegel mit dem 1 kb Marker abschätzt? Die Bande liegt z.B. bei 3 kb. :D
 

Joffi

Moderator
Moderator
Das ist mit den angegebenen Daten nicht möglich. Um die Menge abzuschätzen, müsste man mindestens einmal die Menge des aufgetragenen Markers kennen. Die Verteilung der Masse auf die einzelnen Banden des Markers wäre auch noch hilfreich. Und wo wir schon dabei sind: Eine Verdünnungsreihe des Markers wäre geradezu himmlisch :D. Wenn man das weiß, vergleicht man einfach die Bandenstärken und schätzt fröhlich.

Man könnte natürlich auch schnell im Photometer messen ;)
 

Pferdegesicht

Invertebrat
OK, war wohl zu ungenau (wollte auch nur die Theorie wissen),

Es wird ein 1 kb Marker benutzt (1 µl)
my.php
[/URL][/IMG]

- aufgetragene Menge der Probe: 3 µl
- Bande bei 3 kb zu sehen, die in etwa die Stärke der 1 kb-Markerbande hat.
 

Pferdegesicht

Invertebrat
Hätte ich dann 20 ng DNA je µl Probe, wenn die Intensität der Probe der Markerbande bei 1000 bp entspricht?
 

Joffi

Moderator
Moderator
Ahhh da haben wir ja alles. Interessant für dich ist natürlich die zweite Spalte auf dem Beipackzettel (ng/0.5µg). Wenn Deine unbekannte Bande in etwa so intensiv ist wie die 1kb Bande, dann enthält sie auch in etwa soviel DNA, nämlich 60ng in den 3µl = 20ng/µl, genau wie Du schon sagtest, ja.
Tricks gibts dabei also keine, man muß nur etwas aufpassen, da die mit dem Auge wahrgenommenen Intensitätsunterschiede bei unterschiedlich großen Fragmenten oft verschieden stark scheinen (trotz objektiv gleicher Mengenunterschiede).
Ich tät trotzdem n Photometer hernehmen :)
 
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