DNA-Polarität

[Maddae]

Ich hätte da eine etwas seltsame Frage:

Hat eine circular geschlossene DNA eine Polarität?
Also wenn man beispielsweise Primer für eine Sanger-Sequenzierung synthetisieren lassen möchte, kann man dann beiderseites des fremd-ssDNA-Inserts (e.g. in M13) einfach das Primer-Ende 3' OH in Richtung Insert wählen und es wird in die Fremd-DNA hineinsequenziert?

Vielen Dank und viele Grüße
Matthias

 

[Netti]

Die DNA hat wegen der Phosphatgruppen eine negative Polarität. Ob sich das auf die Primer auswirkt, kann ich nicht sagen, aber wahrscheinlich ist es schon...

 

[Joffi]

Hallo Matthias

Wenn Dein zirkuläres Molekül tatsächlich ssDNA wäre, dann hätte es selbstverständlich auch eine Polarität. Entsprechend ist es nur möglich, von einer Seite hereinzusequenzieren (da es keine 3´-5´-Polymerasen gibt). Ich frage mich allerdings, ob das wirklich Dein aktuelles Problem ist. Wenn Du von zirkulärer DNA sprichst, denke ich mal, dass Du da ein Plasmidinsert hast. Und Plasmide sowie ihre Inserts liegen selbstverständlich doppelsträngig vor. Also kannst Du auch von beiden Seiten reinsequenzieren, einmal auf dem einen, einmal auf dem anderen Strang 5´nach 3´.

Gruß,

Tobias