Ich versuchs mal. Also erstens codieren Homöoboxgene i.d.R. für Transkriptionsfaktoren (DNA-bindende Proteine, welche die Aktivität/Transkriptionsrate von Genen regulieren) und zweitens spielen sie eine Rolle in der Entwicklung eines Organismus. Stellen wir uns also mal einen "unfertigen" Organismus vor, der jetzt auf seinem zukünftigen Rücken eine Falte zum späteren Rückenmark entwickeln muß. Ganz definiert am Grund der Falte wird spezifisch das Homöobox-Gen XYZ angeschaltet. Entsprechend wird der Transkriptionsfaktor XYZ translatiert. XYZ ist jetzt dafür zuständig, alle Neuron-spezifischen Gene anzuschalten (z.B. Enzyme für die Transmittersynthese). Auf diese Weise erhält das Gewebe eine Identität, die man über das Vorhandensein von XYZ sichtbar machen kann.
Oder anderes Beispiel: Eine Extremität soll auswachsen. Es wird Homöoboxgen ABC an der Wachstumsspitze aktiviert und Transkriptionsfaktor ABC reguliert jetzt alle proliferativen Gene positiv => Es kommt zu Längenwachstum.
Diese komplexen, überlappenden Muster von Homöoboxgenaktivität bestimmen schlußendlich über ihre genregulatiorischen Proteinprodukte die Gewebeidentität jedes Teils eines sich entwickelnden Organismus.