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IUP code

Elsi

Moderator
Moderator
Hi Leute!
Ich verstehe nicht ganz wozu der IUP-code benötigt wird...
Wir haben das nur kurz in Genetik angerissen und ich finde im Netzt nichts, was hilft.
Was das ist hab ich auch verstanden, aber ich sehe keinen Sinn in diesem System. Wofür braucht man eine Codierung, die die Basen nur unsicher angibt??
Wär schön wenn mir da jemand helfen könnte
Liebe Grüße
Elsi
 

Joffi

Moderator
Moderator
Das hat ganz praktische Gründe. Wenn man DNA sequenziert, dann sind die Ergebnisse manchmal nicht eindeutig. Man kann vielleicht ausschließen, dass da ein A oder G ist, aber ob das jetzt ein T oder ein C ist... keine Ahnung. Damit weiß man aber ja nun schon mehr als gar nichts (N für "irgendeine Base" bzw. X für "eine oder keine Base") und schreibt lieber Y. Warum sollte man das Wissen einfach wegwerfen?
Eine weitere Anwendung findet sich z.B. bei der Angabe von polymorphen Sequenzen. Wenn die Hälfte einer Population an einer Stelle die Sequenz hat "AGGTTCA" und die andere Hälfte an der selben Stelle "AGGATCA", dann kann man die Sequenz für die gesamte Population angeben mit "AGG(T/A)TCA" oder aber auch "AGGWTCA" (und im Begleittext definieren, das Buchstaben des Ambiguity Codes auf Polymorphismen weisen).
 

Elsi

Moderator
Moderator
Dankeschön!
Sowas ähnliches hab ich mir auch schon gedacht. Aber im Netzt hab ich nichts gefunden, dass das bestätigt hätte.
Jedenfalls eine super Erklärung, vielen Dank!
Liebe Grüße
Elsi
 
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