Ich habe jetzt Deine Zahlen nicht nachvollziehen können, da Du keine Bezugsgröße angegeben hast (kj pro Mol, pro Gramm, pro Gießkanne?) und er außerdem auch für Fette und Kohlenhydrate arg unterschiedlich ist.
Der Kern Deinr Frage allerdings scheint ja zu sein, warum der Brennwert von Fett sich nicht im daraus generierten ATP wiederfindet, richtig? Der Grund dafür ist, dass keine metabolische Reaktion unter voller Energieerhaltung stattfindet, sondern dass immer Wärme frei wird (in der Du die fehlenden kJ wiederfinden würdest).
Nur mal als anschauliches Beispiel: Die Reduktionsäquivalente bei der Fettsäureoxidation treibt die Protonenpumpen in der Atmungskette an, es wird ein Protonengradient aufgebaut. Nun rutschen aber einige Protonen einfach so wieder in die Mitochondrienmatrix zurück ohne über die ATP-Synthase zu laufen. Deren Energie verpufft einfach als Wärme.