Warum ist Basenfragment nach Schnitt mit Restriktionsendonuklesae kleiner wie berechnet ?

[Kara]

Hallo,
Ich hab ein Plasmid (pBR322) mit einer Restriktionsendonuklesae (Bgl1) geschnitten. Bei der Auswertung ist mir aufgefallen, dass das eine Basenfragment 450 Basenpaare groß ist, obwohl es nach Berechnung 234 Basenpaare groß sein sollte. Weiß jemand was der Grund dafür sein könnte?

 

[Joffi]

Hi Kara, ich habe das jetzt nicht in silico nachkloniert aber ganz grundsätzlich kann das natürlich sehr viele Gründe haben, etwa ein inkompletter Verdau (gibt es ein anderes Fragment, das +234 = 450 wäre?). BglI ist auch CpG-Methylierungssensitiv, falls das in Frage komme. Am einfachsten ist natürlich, dass da schon jemand was reinkloniert hat und Dir das irrtümlich als leeren Vektor gegeben hat. Im Zweifelsfalls einfach mal reinsequenzieren, kostet keine 10€ und dann weiß man sicher, was da los ist.