Wie ändert sich die Schmelztemperatur von DNA, wenn der pH erhöht wird?

[Lenuca]

Hi ihr Lieben,
Für das Kolloquium im Studium wurden bereits Fragen veröffentlicht, und ich weiss leider nicht die Antwort zu der oben stehenden Frage.
Mal angenommen, der pH Wert von 7 wird auf 9 erhöht — wird die Schmelztemperatur erniedrigt, erhöht, oder bleibt sie gleich?
Oder ist das eventuell einfach nur von der Ionenstärke abhängig?
Ich hoffe, ihr könnt mir helfen, steh voll aufm Schlauch.
Danke und bleibt gesund!

 

[cigouri]

Ist zwar schon eine Weile her, dass du gefragt hattest und möglicherweise hast du es inzwischen selbst herausgefunden.

Ja, der pH beeinflusst die Stabilität von doppelsträngigen Oligonukleotiden, also auch dsDNA erheblich. Deshalb führt man auch DNA-Hybridisierungen bei fast neutralem pH aus.

Bei saurem pH von weniger als 5, als auch bei alkaklischem pH von mehr als 9 werden polare Gruppen der Basen entweder protoniert oder deprotoniert.

Wie du weißt spielen H-Brücken eine wichtige Rolle bei der Basenpaarung innerhalb der DNA-Doppelhelix. Durch pH bedingte Ionisierungen wird dies gestört und die Halbsträng trennen sich leichter.

Sowohl ein niedriger als auch ein hoher pH erniedrigen die Schmelztemperatur.

Darüber hinaus kann es bei niedrigem (und in geringerem Ausmaß auch bei hohem) pH zu Depurinierungen kommen und es können sich sogenannte „Triple-Helices“ bilden.

LG

 

[cigouri]

Hi ihr Lieben,
Für das Kolloquium im Studium wurden bereits Fragen veröffentlicht, und ich weiss leider nicht die Antwort zu der oben stehenden Frage.
Mal angenommen, der pH Wert von 7 wird auf 9 erhöht — wird die Schmelztemperatur erniedrigt, erhöht, oder bleibt sie gleich?
Oder ist das eventuell einfach nur von der Ionenstärke abhängig?
Ich hoffe, ihr könnt mir helfen, steh voll aufm Schlauch.
Danke und bleibt gesund!

Ist zwar schon eine Weile her, dass du gefragt hattest und möglicherweise hast du es inzwischen selbst herausgefunden.

Ja, der pH beeinflusst die Stabilität von doppelsträngigen Oligonukleotiden, also auch dsDNA erheblich. Deshalb führt man auch DNA-Hybridisierungen bei fast neutralem pH aus.

Bei saurem pH von weniger als 5, als auch bei alkaklischem pH von mehr als 9 werden polare Gruppen der Basen entweder protoniert oder deprotoniert.

Wie du weißt spielen H-Brücken eine wichtige Rolle bei der Basenpaarung innerhalb der DNA-Doppelhelix. Durch pH bedingte Ionisierungen wird dies gestört und die Halbstränge trennen sich leichter.

Sowohl ein niedriger als auch ein hoher pH erniedrigen die Schmelztemperatur.

Darüber hinaus kann es bei niedrigem (und in geringerem Ausmaß auch bei hohem) pH zu Depurinierungen kommen und es können sich sogenannte „Triple-Helices“ bilden.

LG