Die template DNA ist ja in der Regel viiiiiiiel länger als das gewünschte PCR Produkte (z.B. genomische DNA). Nach dem Aufschmelzen in Einzelstränge sind die immer noch viiiiiel länger als gewünscht, es bindet pro Einzelstrang aber nur EINER der beiden Primer (weil ja jeweils einer gegen einen der Einzelstränge gerichtet ist). In diesem ersten Zyklus läuft die Polymerase also am Primer-3'-Ende los und polymerisiert weiter und weiter und weiter.... bis irgendwann der nächste Zyklus kommt. Das Produkt des ersten Zyklus sind also DNA-Stücke, die mit einem richtigen Primer anfangen und dann unbestimmt lang weitergehen. Erst jetzt im zweiten Zyklus kann daran der andere Primer binden und erst jetzt greift die Polymerase genau am anderen Ende in Leere und wir kriegen das erste Mal unser gewünscht langes Produkt. Das wird in der Folge dann weiter amplifiziert.