Multiplex PCR

[Anatschuka]

Hallo!

Ich bin etwas verzweifelt und versuche jetzt mal auf diesem Wege meine Bio GFSL Note zu retten

Ich soll in meiner GFSL das Prinzip der - Multiplex PCR - erläutern. Leider habe ich Probleme im Internet oder in der Fachliteratur etwas verständliches und brauchbares zu finden. Wäre super wenn mir das vielleicht jemand auf die Sprünge helfen könnte.

Mfg Anatschuka

 

[Joffi]

Auf Anhieb kenn ich jetzt auch keine Seite im Netz dazu, aber prinzipiell ist das recht einfach. Ich gehe mal davon aus, dass Du die klassische PCR bereits kennst und verstehst. Beim Multiplexen amplifiziert man jetzt einfach in einem Ansatz nicht EINE Zielsequenz (mit EINEM Primerpaar), sondern MEHRERE. So kann man z.B. von etwas genomischer DNA parallel in einem einzigen Gefäß sagen wir 5 Sequenzen herausholen. Diese Methode ist allerdings nur in sehr speziellen Fällen sinnvoll und verlangt i.d.R. lange Optimierungen. Ein Beispiel wäre die klinische Diagnostik, wo am dann in einem Einsatz das Vorhandensein von bis zu 10 verschiedenen Viren in einer Probe nachweisen könnte.

 

[Anatschuka]

Danke schön!

Kannst du mir vielleicht auch noch sagen wie bei der Multiplex die Farbe zustande kommt? Ich hab das so verstanden, dass das an den einzelnen Primern liegt die sich im 5`-3` Richtung anlagern?!
Werden bei der Multiplex PCR mehrere Genorte auf einem oder auf mehreren Chromosomen untersucht?

 

[Joffi]

Erstmal zu "auf einem oder auf mehreren Chromosomen": Die Auswahl der PCR-Ziele sind völlig frei. Du kannst auf dem gleichen oder auf verschiedenen Chromosomen messen. Oder auf menschlichem Genom und Virusgenom oder Bakteriengenom oder was auch immer. Hauptsache Deine Primer sind spezifisch genug.

Dann zur Farbe: Der Begriff Multiplex bedeutet im Grunde nur "mehrere PCR´s in einem Cup". Aber ich denke, in Deinem Beispiel geht es um quantitative PCR, für die man in der Tat diese Flourenszenzfarben braucht verschiedener Farbe. Die würden dann am Primer hängen, ja.