SDS-Elektrophorese

[bilufi]

Hallo!
Ich muss einen Bericht über meine SDS-Elektrophorese schreiben und soll da einen kurzen Theorieteil reinbringen. Ich hab jetzt mal was geschrieben, bin mir aber nicht sicher, ob man das so machen kann. Hat da jemand vllt Erfahrung und kann mal drüberlesen?

Die SDS-Elektrophorese ist ein Trennverfahren für Proteine, das auf ihren unterschiedlichen molaren Massen beruht.
SDS bedeutet Natriumdodecylsulfat (Sodiumdodecylsulfate) und ist ein anionisches Detergenzmolekül mit einer großer unpolaren und einer kleinen polaren Gruppe.
Bei einem Protein zeigt der unpolare Berech nach innen, der polare Bereich nach außen. Das SDS bindet an das Protein, so dass die Proteine der Probe alle durch eine Umformung nach außen negativ geladen sind. Die SDS-Protein-Komplexe wandern im elektrischen Feld dann zum Pluspol.
Die Elektrophorese erfolgt in einem Polyacrylamidgel. Dieses enthält Poren, aufgrund deren die Trennung der Proteine stattfindet. Größere Proteine müssen die Poren zunächst auseinander drücken um durch das Gel diffundieren zu können. Dies dauert länger, sodass eine Trennung nach Teilchengröße erfolgt.
Nach der Trennung können die Proteine direkt im Gel mit Coomassieblau gefärbt werden.


Für konstruktive Kritik wär ich dankbar,

Birgit

 

[Elsi]

hmm ich versteh nicht ganz, was du mit "Umformung nach außen" meinst.
Ich hab gelernt dass die Proteine komplett denaturieren. ist zwar auch ne Umformung, aber das würd ich vielleicht etwas anders schreiben.
Hab gelernt, dass sich SDS an hydrophobe und basische Gruppen bindet. Wenn es sich an basische bindet verlieren diese ihre positive Ladung. Darum bekommt man ein Protein, dass nur negativ geladen ist.
Ganz wichtig ist auch noch dass die mass/charge ratio bei Molekülen unterschiedlicher Größe die Gleiche sein muss. Nur deshalb kannst du sie aufgrund ihrer Masse trennen. Ansonsten würde ein Molekül mit mehr negativen charges trotz größerem Gewicht vielleicht noch genau so schnell wandern, wie ein kleines mit nur einer charge.

 

[bilufi]

Ja ok. Also des mit dem "Umformen" is wirklich doof geschrieben. Das "nach außen" ist eigentilch auf das "negativ geladen" bezogen gewesen....
Aber ich änder das dann...
Ist denn "charge ratio" ein feststehender Begriff?

Ist es so besser:

Bei einem Protein zeigt der unpolare Berech nach innen, der polare Bereich nach außen. Die Proteine denaturieren und das SDS bindet daran, so dass die Proteine der Probe alle gleich stark nach außen negativ geladen sind.

 

[Elsi]

jaa, mass to charge ratio ist halt englisch... mir fällt grad auch keine gute Übersetzung ein.
Aber so wie du es geschrieben hast ist es schon okay, denk ich

 

[bilufi]

Ok, vielen Dank für die Hilfe Dann kann ich den Bericht ja jetzt einigermaßen beruhigt abgeben

 

[Thorsten1978]

Hätte da noch eine Erklärung zum Thema "Umformen", "Denaturierung" und "mass/charge ratio", die meiner Meinung recht verständlich ist. Ich könnte es zwar auch in meine eigenen Worte zusammenfassen, finde aber die Erklärung im Buch "Bioanalytik" von Friedrich Lottspeich sehr gut. Deshalb an dieser Stelle das Ganze als Zitat:

"SDS ist ein anionisches Detergenz und überdeckt die Eigenladung von Proteinen so effektiv, dass Micellen mit konstanter negativer Ladung pro Masseneinheit entstehen mit ca. 1,4g SDS pro g Protein. Bei der Probenvorbereitung werden die Proben mit einem Überschuss von SDS auf 95°C erhitzt und so die Tertiär- und Sekundärstrukturen durch aufspalten der Wasserstoffbrücken und durch Streckung der Moleküle aufgelöst. Schwefelbrücken zwischen Cysteinen werden ducrh die Zugabe einer reduzierenden Thiolverbindung, zum Beispiel ß-Mercaptoethanol oder Dithiothreitol, aufgespalten. Die mit SDS beladenen, gestreckten Aminosäureketten bilden Ellipsoide."

Die Verwendung von ß-Mercaptoethanol, solltest du meiner Meinung nach auf jeden Fall mitreinbringen, da sie wie o.a. wichtig für eine komplette Denaturierung der Proteine ist, denn das SDS spaltet wie gesagt nicht die -S-S- Schwefelverbindungen zwischen 2 Aminosäureresten (in der Praxis ist das sehr wichtig). Dann würde eine gewisse räumliche Struktur übrigbleiben.

Gruß Thorsten