Vom Protein zur DNA-Sequenz??

[imil]

Hallo,
kann mir jemand sagen, was für Möglichkeiten es gibt die DNA-Sequenz eines Proteins herauszufinden?
Genauer: Wenn ich z. B. ein Protein aus einem Bakterium isoliert und die AS-Sequenz ermittelt habe, wie kann ich dann die zugehörige DNA-Sequenz herausfinden (z. B. um das Protein zu klonieren)?
Danke im voraus für die Antworten.

 

[Torben]

Soweit ich weiß ist es dies nicht direkt möglich, da der genetische Code degeneriert ist. Wenn einem das weiterhilft kann man möglich Sequenzen bestimmen, indem man einfach die Translation rückgängig macht. Hierbei ergeben sich aber zwangsläufig viele verschiedene DNA- bzw. RNA-Sequenzen. Häufig kann man auch die passende mRNA ausfindig machen, indem man Zellen untersucht, die das betreffende Protein synthetisieren.

 

[Elsi]

hmm, also wenn das Protein kloniert werden soll würde ich den Code von der Codesonne ablesen. Oder mache ich es mir damit zu einfach? Wenn man von den Aminosäuren Rückschlüsse zieht bekommt man wahrscheinlich nicht 100% die gleiche Sequenz, aber ja zumindest eine, die zu einem Funktionsfähigen Protein führen würde. Wenn ich das richtig verstanden hab ist das ja nur eine theoretische Frage, oder? Es geht nur darum die Sequenz herauszufinden? Dann bekäme man so zumindest einige möglichen Sequenzen raus.

 

[imil]

@elsi: Ja, ist nur eine theoretische Frage. Den Code einfach ablesen kann man leider nicht. Wie Torben schon gesagt hat, ist der degeneriert (man kann die Code-Sonne nur in eine Richtung sinnvoll lesen).

@Torben: Wie kann man denn die passende RNA-Sequenz ausfindig machen? Wenn man das hat, hat man ja auch die entsprechende DNA-Sequenz (von evtl. Introns mal abgesehen).

 

[willi2000]

man generiert degenerierte Primer fuer eine (RT-)PCR (oder bei Bakterien kann man auch die genomische DNA nehmen, da Introns selten sind), bei denen man die 3' enden auf den Code von einem trp oder met legt und hofft dann, dass bei der PCR was amplifiziert wird.

Gruss

 

[willi2000]

Upps, hatte ganz vergessen, dass wir uns ja schon in der 'Post-Genom-Ära' befinden. Man führt heutzutage erstmal eine Datenbankabfrage der gewuenschten Genomdatenbanken mit einem BLAST-Tool namens tblastn durch.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/

 

[imil]

super! das ist genau der schritt, der mir gefehlt hat (ich meine: die degenerierten primer und nicht blastn ).
wie erfolgreich ist diese methode denn? hat das schon mal jemand gemacht? und hat da einen erfahrungsbericht? für mich hört sich das so an, als wäre es ein ziemlich unsicheres verfahren.